痛經最為常見的疾病是一種稱為“子宮內膜異位癥”的疾病，顧名思義，從它的名字直接來讀，大概的解釋就是本來應該在子宮內部生長的子宮內膜跑到別的地方去了，本來來月經的時候，子宮內膜剝脫了，是不會有什么疼痛，但是如果子宮內膜跑到別的地方去的時候，在一些異常的位置出血，就會產生疼痛。最常見的位置有卵巢、盆腔腹膜、陰道和直腸之間的組織(陰道直腸隔)，罕見的位置還可能會發生在腸道、輸尿管、膀胱，甚至是在腹腔外。
在這些異常位置出血的時候，就會刺激腹膜導致痛經，在卵巢上常見就是形成囊腫，因為在手術的時候取出的子宮內膜異位的囊內液體特別象巧克力，又稱之為卵巢巧囊。子宮內膜異位癥是一種比較特殊的疾病，在醫學上我們有時戲稱它為“良性的疾病，惡性的表現”，主要就是因為它治療非常困難，藥物治療和手術治療都有很高的復發率，此外它也容易影響生育，造成受孕的不易。目前而言，治療上主要是要取決于患者的癥狀、年齡、生育要求。因為子宮內膜異位癥導致的痛經，通常情況下需要醫生詳細地檢查和評估了以后才能決定具體的治療方式。輕癥的患者，如果沒有囊腫或者囊腫較小，一種簡單的治療方法是服用口服避孕藥，這有緩解痛經的作用。
對于子宮內膜異位癥的治療還存在這一所謂“懷孕是子宮內膜異位癥最好的治療”的說法，因為一旦懷孕，如果可以足月妊娠并分娩，體內產生大量的孕激素，那對于子宮內膜異位癥這些異位的子宮內膜是有很強的抑制作用，所以很多人在懷孕以后，痛經癥狀就會得到很大的緩解，甚至短期之內不再出現。當然，足月懷孕的次數越多，子宮內膜異位癥也就越不容易加重，相反，早期流產，對于子宮內膜異位癥則是有加重的影響，很多人也是在流產了以后出現有痛經的癥狀。
